אוסף האמנות הישראלית של המשכן לאמנות עין חרוד מציג מניפה רחבה וייחודית של אמנות ישראלית במגוון מדיות (ציור, פיסול, צילום) וטכניקות. עבודות האוסף מייצגות מגמות מרכזיות באמנות הישראלית כדוגמת קבוצת 'אופקים חדשים' או סגנון 'דלות החומר' לצד אמנים ומגמות שלא נתפסו כחלק מהזרם המרכזי, כמו עבודות בסגנון 'הריאליזם החברתי' או עבודות שעסקו בנושאים שנדחו מקאנון האמנות הישראלית כמו עוולות חברתיות, פליטות ושואה. בנוסף, כמוסד אמנות בקיבוץ צבר המוזיאון לאורך השנים אוסף נרחב של עבודות של אמנים מהקיבוצים המייצגים בעבודותיהם באופנים שונים את אורחות החיים בקיבוץ וגם את הביקורת על דרך חיים זו. אוסף המשכן מציג ריבוי מבטים וקולות ומאפשר התבוננות רחבה על האמנות הישראלית ודרכה על החברה והתרבות בארץ באופן שמהווה חלק מהשיח המרכזי של האמנות הישראלית ובה בעת מציע לו אלטרנטיבה.