יוחנן סימון, נוער בנגב, שמן על בד

הציור הישראלי מיוצג באוסף המשכן לאמנות ביצירות של מיטב האמנים המייצגים את הזרמים השונים והקבוצות הרבות שפעלו באמנות הישראלית בכל תולדותיה.
אוסף הציור והגרפיקה של המשכן לאמנות כולל ציורים של ציירים יהודים מסוף המאה ה-19 ומהמחצית הראשונה של המאה ה-20. מאוריציו גוטליב, שמואל הירשנברג, ליאופולד הורוביץ, מאוריצי מינקובסקי, ארטור מארקוביץ, איזידור קאופמן ואחרים ציירו, מי בסגנון רומנטי ומי בסגנון ריאליסטי, את חיי היהודים במזרח אירופה.
האימפרסיוניסטים מיוצגים בציוריהם של מכס ליברמן, לסר אורי ויצחק לויתן.
קבוצת האקספרסיוניסטים והקוביסטים מרוסיה, מרכז אירופה ואסכולת פאריס, בולטת באוסף במיוחד, ביצירות של יענקל אדלר, יששכר בר ריבאק, ז'יל פאסקין, מאנה-כץ, מואיז קיסלינג, ליאופולד גוטליב ורבים אחרים;
באוסף שמורים גם ציורים של דוד בומברג ויוסף הרמן מאנגליה וקבוצה שלמה של ציירים יהודים – אמריקאים: בניהם מכס וובר ואדולף גוטליב.
מאות אמנים יהודים נספו בשואה; דור שלם של יוצרים הוכחד בפאריס, פולין, גרמניה, אוסטריה, הולנד ובלגיה, יוגוסלביה ויוון. במשכן לאמנות שמור אוסף מיצירותיהם: חנוך בארצ'ינסקי, מאוריצי טרמבאץ', רגינה מונדלאק, רומן קראמשטיק והאחים אפרים ומנשה זיידנבייטל. אייזיק פדר, גיאורג קארס, מרסל סלודקי, בורא ברוך, סלבקו בריל ורבים אחרים.
בחצרות הפסלים ובאוסף הפיסול נמצאים פסלים של ראשוני הפסלים היהודים מארק אנטקולסקי וחנוך גליצנשטיין לצד יצירות מראשית הפיסול הישראלי משל זאב בן צבי, רודי להמן, דב פייגין ויחיאל שמי ועד יצירות עכשוויות של אמנים בני זמננו.