כינוס העבודות של אמנים יהודיים, בפרט מאירופה, הפך למשימה מרכזית של האבות המייסדים של המשכן לאמנות בשנים שלאחר מלחמת העולם השנייה, ובעקבות השמדת הקהילות היהודיות ובזיזת נכסי התרבות היהודית. באוסף המשכן נמצאים ציורים של בכירי האמנים היהודים באירופה מן המאות התשע עשרה והעשרים (בהם מאוריצי גוטליב, איזדור קאופמן, יוזף ישראלס, מארק שאגאל, חנה אורלוף, יצחק לויתן, לסר אורי ומקס ליברמן). חלק מהעבודות מתארות את הווי החיים בקהילה היהודית, את בית הכנסת, למידה ותפילה בחברותא, ואת מראה הרחוב או העיירה היהודית. עבודות אחרות מוקדשות לתאור פרעות, פוגרומים ופליטות. האמנים היהודיים לא התמקדו רק בציור סצנות הקשורות ליהדות. הם בחרו לצייר דיוקנאות ודיוקנאות עצמיים, טבע דומם וציורי נוף, ובעבודותיהם ניתן לראות את התמורות הסגנוניות הגדולות שחלו בציור לאורך המאות התשע עשרה והעשרים. באוסף ישנן עבודות רבות של אמנים מובילים מאסכולת פאריס אשר מלבד הפעולה בסביבה משותפת היו קשורים בקשרי חברות. מכלול זה מאפשר לספר את סיפורה של אמנות התקופה מזוויות מרתקות.