מאות אמנים יהודים נספו בשואה הנאצית; דור שלם של יוצרים הוכחד בפאריס, פולין, גרמניה, אוסטריה, הולנד ובלגיה, יוגוסלביה ויוון. במשכן לאמנות הוקם אוסף מיצירותיהם להנצחת שמם. באוסף הזה עבודות של בארצ'ינסקי, וויינלז, טרמבאץ', ניימאן, מונדלאק, קראמשטיק, קוז'אן, שפיגל, האחים אפרים ומנשה זיידנבייטל מפולין; אנרי אפשטיין, זילברברג-זבאר (יצירתו הגראפית), פדר, קארס, סלודקי, ויינגארט, מורדקין והפסלים מויסה קוגאן וצטרינוביץ מפאריס; רחל שאליט-מרכוס, רודולף ארנסט מברלין; ישורון דה מסקיטה ופינקהוף מהולנד; בורא ברוך, אוזמו, קאביליו והפסל סלבקו בריל מיוגוסלביה ורבים אחרים.
האמנות הישראלית קשורה במהותה עם אסכולת פאריס, עם אסכולת האומנים היהודים במזרח אירופה ועם יוצרי התנועות האסתטיות הניסיוניות במרכז אירופה; היא צמחה וקיבלה את ייחודה על אדמת ארץ-ישראל. הגלריה של האמנות הישראלית במשכן לאמנות מציגה בריטרוספקט חצי-מאה שנות התפתחותה של אמנות זו, מראשית ימיה ועד לאמנות בת זמננו, בציורים של ראובן, זריצקי, גוטמן, ליטבינובסקי, ארדון, ינקו, כהנא, לובין, קריזה, סימה, שמי (תערוכה מתמדת), לבנון, פרנקל, גלעדי, סימון, יוסל ברגנר, מוקדי, טמיר, בזם, אתר (תערוכה מתמדת) ושל אחרים.
באוסף הגראפי רישומים ודפים גראפיים מאת פיסארו, מודיליאני, פאסקין, שאגאל (כמעוט כל יצירתו הגראפית), ליליאן, הכט, קולניק, אברהם קרול ממרכז אירופה ומפאריס; לוצאטי מאיטליה, משה פיאדה מיוגוסלביה; אנאטולי קאפלאן, מרק קליונסקי ושמואל רוזין מברית המועצות; לזר סגל מבראזיל, בן שאן, באסקין, ראטנר מארצות הברית; ובין הומנים הישראליים: בודקו, שטיינהרט, קראקאואר, אשהיים, טיכו, אריכא, אופק, בקון, שרגא וייל, פינס, ריקמן ואחרים.
תולדותיה של אמנות הפיסול בעם היהודי, החל מראשון פסליה אנטוקולסקי, מוצגות באולם ובחצרות הפסלים . בתוכם : פסלי חנה אורלוף, יעקב אפשטיין (עזבונו האומנותי); גליצנשטיין, לוצ'אנסקי (תערוכה מתמדת), קונסטנט, אינדנבאום ממערב אירופה; גליד מבלגראד; זורח, גרוס, הרכבי מארצות הברית ורוב פסליה של ישראל: בן צבי, לישנסקי, ציפר, להמן, פייגין, שטרנשוס, פלומבו (שערי המשכן לאמנות), יחיאל שמי, אלדובי, אהרון בצלאל, חוה מחותן, תומרקין ואחרים.

במדור האמנות היהודית העממית מוצגים תשמישי קדושה וכלי יום יום מכל עדות ישראל מאז המאה הט"ו ועד היום, מקדמת אסיה, צפון אפריקה והעדות הספרדית והאשכנזית באירופה. במרכז המדור, שחזור בית כנסת מזרח אירופי, בו מוצגים בתערוכות קבועות: ספרי תורה וקישוטי תורה; קישוטי שבת ותפילה; תערוכות ראש השנה, יום כיפור, סוכות ושמחת תורה; מנורות חנוכה; תערוכות פורים, פסח (כלי חג והגדות פסח); שבועות; כתובות מצויירות, פרכות ורקמות; מגזרות נייר, גילופי עץ ועבודות מתכת.
המדור כולל אוסף גווילי ספרי תורה, מכל עדות ישראל; אוסף הכתב, האות והדפוס העברי ואוסף הגדות פסח. בארכיב המדור שמורים רישומים וצילומים מבתי כנסת וקישוטי מצבות ממזרח אירופה, ארצות הבלקן וצפון אפריקה.
ספריית המוזאון מכילה למעלה מ- 3,000 כרכים בכל שטחי האמנות.
תערוכות מאוספי המוזאון ותערוכות דידאקטיות מושאלות לישובים ומוסדות תרבות בכל רחבי הארץ. התערוכות המתחלפות מחוץ לארץ קושרות את המוזאון בעין חרוד עם אמנויות העולם. התודעה להכרתן נעשית בהרצאות ובהדרכות למבקרים, בחוגי הנוער הלומד, בעבודה בספרייה ובסמינר מורים במוזאון.
ויוגד על המשכן לאמנות כמאמר מרטין בובר על אמנות עמו: "… מתכונותיה לשנות ערכים חומריים לערכים של עלית נשמה…"